Налоговые споры: доначисления и обжалование

• Доначисление по проверке. Инспекция пересчитала налоговую базу, сняла расходы или вычеты, применила обычную ставку вместо пониженной — и доначислила налог, пени и штраф.
• Спор о льготе или ставке. Компания считает, что имела право на пониженную ставку, инспекция — что нет: не выполнены условия, потерян статус, неверно выбран период.
• Смена режима или льготы внутри года. Ситуация, которая стала массовой после проверок резидентов «Сколково»: компания теряет одну льготу и переходит на другую в том же периоде.
• НДС и вычеты. Претензии к контрагентам, «техническим» компаниям, реальности операций.
• Штрафы. Размер (10% или 20%, а при умысле — 40%) зависит от состава и квалификации нарушения.

Обжалование решения налогового органа по общему правилу проходит две стадии, и первая — обязательная.

1. Вышестоящий налоговый орган. Сначала — апелляционная жалоба: она подаётся, пока решение не вступило в силу (по общему правилу на это есть месяц со дня вручения решения). Если решение уже вступило в силу — жалоба подаётся в порядке ст. 139 НК РФ в течение года, но это уже другой механизм.
2. Суд. Только после досудебной стадии можно идти в арбитражный суд. Для требований об оспаривании ненормативных актов действует трёхмесячный срок, и он идёт быстро.

Сроки — самое частое место, где теряют дело: жалоба, поданная с опозданием, возвращается, и дальше разговор идёт только о восстановлении срока. Перед подачей сверяйтесь с актуальной редакцией НК РФ и АПК РФ: детали зависят от вида решения и стадии.

В октябре 2026 года суд отказал компании «Автоспот» в иске об оспаривании доначисления 103,6 млн ₽ налога на прибыль и 10,4 млн ₽ штрафа (дело А40-181998/2026). Компания потеряла право на ставку «Сколково» и в том же году перешла на IT-льготу.

Суд указал: если налогоплательщик подпадает под несколько оснований для пониженной ставки, основание нужно выбрать до начала налогового периода и оно должно быть неизменным до его конца. Иначе выбор делается постфактум по условиям максимальной выгоды. Довод о том, что разъяснения Минфина и ФНС появились позже, суд отклонил: сходная позиция была и в письмах 2021 и 2023 годов.

Полный разбор дела и чек-лист

• Основания и условия. Выпишите все льготы, под которые подпадает компания, и условия каждой.
• Пороги. Посчитайте выручку и прибыль и оцените риск выхода за пороги внутри года.
• Статусы. Реестр Минцифры, резидентство «Сколково», региональные реестры — потеря статуса посреди года обнуляет льготу.
• Фиксация выбора. Приказ, учётная политика, расчёт соответствия условиям — до 1 января.
• Документы по сделкам. Условия цены, НДС, авансов и штрафов в договорах — это то, что инспекция проверяет в первую очередь.